儿童早上起来咳嗽可能由多种原因引起，比如过敏因素，像有些儿童是过敏体质，早上接触到空气中的过敏原，如灰尘、尘螨等，就容易引发咳嗽，据统计，约有20%的儿童咳嗽与过敏相关。
过敏因素导致的咳嗽
室内过敏原：尘螨是常见的室内过敏原，它们喜欢栖息在床垫、枕头、沙发等地方，儿童晚上睡觉接触这些物品，早上起来就可能因尘螨刺激呼吸道而咳嗽。室外过敏原：早上空气里可能有花粉，如果儿童对花粉过敏，吸入花粉后也会出现咳嗽症状，尤其是在花粉传播的季节，比如春季和秋季。
呼吸道感染因素
上呼吸道感染恢复期：如果儿童之前患过上呼吸道感染，虽然病情有所好转，但呼吸道黏膜还没有完全修复，早上起来时，呼吸道分泌物刺激可能引发咳嗽，一般这种情况会持续1 - 2周左右。鼻窦炎：儿童患鼻窦炎时，鼻腔分泌物会在夜间倒流到咽喉部，早上起来后刺激呼吸道，导致咳嗽，鼻窦炎引起的咳嗽可能伴有鼻塞、脓涕等症状。
环境因素影响
空气干燥：冬季室内如果暖气开得足，空气会比较干燥，儿童的呼吸道黏膜在干燥空气刺激下，早上起来容易咳嗽。一般室内空气湿度保持在50% - 60%比较适宜，空气过于干燥时湿度可能低于40%。温度变化：早上气温相对较低，儿童从温暖的室内到寒冷的室外，或者室内外温差较大时，呼吸道受到刺激也会咳嗽，比如从20℃左右的室内到0℃左右的室外，温差超过10℃就可能刺激呼吸道。