指甲凹凸不平可能是营养不良、真菌感染、扁平苔藓、银屑病等原因引起的，可以通过饮食调整、药物治疗、物理治疗等方式改善，建议及时就医，在医生的指导下进行针对性治疗。具体分析如下：
1.营养不良：如果长期挑食、偏食，可能会导致体内缺乏维生素、钙等营养物质，从而引起指甲凹凸不平。患者可以通过调整饮食结构，多吃一些富含维生素和钙的食物，如蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等，同时还可以在医生的指导下服用维生素片、钙片等药物进行治疗。
2.真菌感染：如果指甲受到真菌感染，可能会导致指甲变形、增厚、变色、凹凸不平，并伴有异味、瘙痒等症状。患者可以在医生的指导下使用抗真菌药物进行治疗，如酮康唑乳膏、克霉唑乳膏等。如果病情比较严重，还可以口服抗真菌药物，如伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等。
3.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，可能会导致指甲出现纵行、横行的隆起，甲板变薄、易碎，也可能会出现指甲凹凸不平的症状。患者可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，如泼尼松龙片、他克莫司软膏等。
4.银屑病：银屑病是一种慢性炎症性皮肤病，可能会导致指甲出现点状凹陷、甲板增厚、变色、畸形等症状。患者可以在医生的指导下使用维生素D3衍生物、糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，如卡泊三醇软膏、糠酸莫米松乳膏、甲氨蝶呤片等。
患者在治疗期间需要注意保持指甲清洁卫生，避免长时间泡水、接触化学物质。同时，还可以适当食用一些富含蛋白质、维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、苹果等，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、生姜、大蒜等。