手指甲凹凸不平的原因可能是营养不良、真菌感染、扁平苔藓、银屑病等。具体如下：
1.营养不良：如果身体缺乏维生素、钙、铁等营养物质，可能会导致手指甲营养不良，出现凹凸不平的情况。此外，过度节食、消化不良等也可能导致营养摄入不足。
2.真菌感染：真菌感染是导致手指甲凹凸不平的常见原因之一。常见的真菌感染有灰指甲，即甲癣，由皮肤癣菌侵犯甲板所致。此外，念珠菌感染也可能引起指甲病变。
3.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症，可累及皮肤、毛囊、甲。手指甲或脚趾甲上可出现甲板变薄、纵嵴、凹陷，有时可出现甲纵裂、甲下增厚、甲床分离等。
4.银屑病：银屑病是一种慢性炎症性皮肤病，可累及皮肤、指甲。手指甲或脚趾甲上可出现顶针状凹陷、甲板增厚、变色、易碎等改变。
5.其他：其他可能导致手指甲凹凸不平的原因包括：外伤、湿疹、扁平苔藓样反应、斑秃、雷诺病、特发性甲营养不良等。
如果发现手指甲凹凸不平，建议及时就医，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的生活习惯，均衡饮食，适量运动，有助于提高身体免疫力，预防指甲病变的发生。