玛卡可能存在一些副作用。部分人服用后可能出现胃肠道不适，如恶心、腹胀等；还有可能影响内分泌，对于一些特殊人群，比如孕妇、哺乳期女性以及患有内分泌相关疾病的人群，可能带来潜在风险；另外，个别人群服用玛卡后可能出现过敏反应，表现为皮疹、瘙痒等症状；同时，玛卡可能与一些药物发生相互作用，影响药物的疗效或增加不良反应的发生风险。
胃肠道不适方面
玛卡中的某些成分可能刺激胃肠道，导致一些人服用后出现恶心、腹胀等情况，尤其是本身胃肠道功能较弱的人群，这种不适可能更为明显。
内分泌影响方面
玛卡对内分泌系统有一定作用，对于孕妇、哺乳期女性，其内分泌处于特殊状态，服用玛卡可能干扰正常内分泌平衡；而患有甲状腺疾病等内分泌相关疾病的人群，服用玛卡可能进一步影响病情，需谨慎对待。
过敏反应方面
个别人群属于过敏体质，对玛卡中的某些成分过敏，服用后就会出现皮疹、瘙痒等过敏症状，严重时可能影响身体健康。
药物相互作用方面
玛卡可能与一些常见药物发生相互作用，比如降压药、降糖药等，从而影响这些药物的正常疗效，甚至可能引发不良反应，所以正在服用其他药物的人群在考虑服用玛卡时需格外留意。