怀孕40天B超看不见可能是正常的，也可能是异常的，需要结合具体情况进行分析。
如果平时月经周期规律，为28-30天一次，怀孕40天时，B超检查宫腔内应该可以看到孕囊。如果B超检查看不见孕囊，要考虑以下几种情况。
受孕时间晚：受精卵着床时间晚，孕囊还没有到达宫腔。
宫外孕：孕囊着床在子宫腔以外的部位，如输卵管、卵巢、腹腔等，B超检查也看不到孕囊。
胚胎停育：孕囊内没有胎芽、胎心搏动，提示胚胎已经死亡。
其他：子宫肌瘤、子宫畸形等也可能影响孕囊的着床和发育。
如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，可以间隔1-2周后复查B超，了解孕囊的发育情况。如果出现腹痛、阴道流血等异常情况，需要及时就医，排除宫外孕的可能。
需要注意的是，B超检查结果需要结合临床症状、血HCG水平等综合判断。如果对检查结果有疑问，可以咨询医生，医生会根据具体情况进行解释和建议。此外，早孕期是胎儿器官形成的关键时期，要注意补充叶酸，预防神经管畸形，同时要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉快。