肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医称为肛漏。其主要的病因有以下几点：
1.感染：感染是肛瘘形成的主要原因之一。肛管直肠周围脓肿破溃或切开后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部的裂口也逐渐愈合，但深部组织的感染源仍然存在，容易反复发作，导致肛瘘的形成。
肛周脓肿：肛管直肠周围脓肿是肛瘘的主要原因之一。如果脓肿得不到及时治疗，可能会破溃或切开，形成肛瘘。
肛窦炎：肛窦炎是肛管炎的一种，常并发肛乳头炎，是肛管直肠部位感染性疾病的发源病灶。
2.肛门直肠损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌容易从损伤的肛管直肠部位进入，引起感染，形成脓肿，破溃后形成肛瘘。
肛管直肠损伤：肛管直肠损伤后，细菌容易从损伤部位进入，引起感染，形成脓肿，破溃后形成肛瘘。
医源性损伤：肛门窥器检查、内痔注射等医源性损伤也可能导致肛瘘的形成。
3.结核：吞咽结核菌，可引起肠道结核，也可导致肛瘘。
肠道结核：肠道结核是由结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染。结核杆菌可通过血液、淋巴或直接蔓延等方式累及肠道，导致肠结核。
肛瘘：肠结核可导致肠道炎症、溃疡和肉芽肿形成，进而可能并发肛瘘。
4.溃疡性结肠炎：直肠肛管的溃疡性炎症可导致局部肉芽组织增生，形成炎性外痔或肛乳头炎，发展为肛瘘。
溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎是一种病因尚不明确的直肠和结肠慢性非特异性炎症性疾病。主要表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状。
肛瘘：溃疡性结肠炎可导致直肠肛管局部炎症和组织损伤，进而形成肛瘘。
5.克罗恩病：病因尚未明确，可能与感染、遗传、体液免疫和细胞免疫有一定关系。病变可累及全胃肠道，肛瘘是克罗恩病的常见并发症之一。
克罗恩病：克罗恩病是一种病因未明的胃肠道慢性炎性肉芽肿性疾病。可累及从口腔到肛门各段消化道，但好发于末端回肠和右半结肠。
肛瘘：克罗恩病可导致肠道炎症、溃疡和瘘管形成，肛瘘是其常见并发症之一。
6.恶性肿瘤：肛管直肠癌破溃或波及深部的组织，也可导致肛瘘。
肛管直肠癌：肛管直肠癌是指发生在肛管和直肠的恶性肿瘤，常见的有直肠癌和肛管癌。
肛瘘：肛管直肠癌破溃或波及深部组织，可导致肛瘘的形成。
7.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可导致肛瘘。
会阴部手术：内痔注射、会阴部手术等可导致肛门局部感染，进而形成肛瘘。
感染：手术部位的感染是肛瘘形成的重要原因之一。
8.其他：包括血行感染、放线菌病、直肠肛管损伤、局部血液循环障碍等，也可导致肛瘘的发生。
血行感染：身体其他部位的感染灶经血行播散至肛管直肠，可引起肛瘘。
放线菌病：放线菌病是一种由放线菌感染引起的疾病，可累及全身多个部位，包括肛管直肠。
直肠肛管损伤：直肠肛管损伤后，细菌容易从损伤部位进入，引起感染，形成脓肿，破溃后形成肛瘘。
局部血液循环障碍：局部血液循环障碍可导致肛管直肠局部组织缺血、坏死，进而形成肛瘘。
肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先，肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。其次，肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。