坐着时腰疼的主要原因有多种，比如久坐导致的肌肉劳损，长期保持坐姿会使腰部肌肉持续紧张，约有40% - 50%的办公室人群会因久坐出现腰部肌肉劳损引发的腰疼。
肌肉劳损方面
姿势不良：长时间坐着时，如果腰部弯曲、驼背或者坐姿歪斜，会让腰部肌肉、韧带等组织处于不正常的牵拉状态，时间一长就容易引起劳损，出现疼痛。比如有些人坐着时总是弯腰弓背，就很容易引发腰疼。缺乏活动：坐着的时候身体基本不动，腰部肌肉得不到有效的活动锻炼，肌肉力量会逐渐下降，稳定性变差，进而导致腰疼。像一些长时间坐在电脑前工作的人，因为很少活动腰部，就比较容易出现这种情况。
脊柱问题方面
腰椎间盘突出：久坐会使腰椎间盘承受的压力增大，容易导致椎间盘退变、突出，压迫周围的神经组织，从而引起腰疼。一般来说，30 - 50岁的人群相对更容易出现腰椎间盘突出引发的坐着腰疼，但现在年轻人久坐也可能患病。腰椎骨质增生：随着年龄增长或者长期久坐等因素，腰椎会出现骨质增生，增生的骨质如果刺激周围的软组织，就会引发腰疼。尤其是中老年人，坐着时增生的骨质对腰部组织的刺激更容易导致疼痛发作。
内脏疾病牵涉方面
肾脏疾病：某些肾脏疾病，如肾盂肾炎等，也可能引起腰部牵涉痛。坐着时可能会感觉腰部隐隐作痛，同时可能还伴有尿频、尿急等症状。不过这种情况相对较少见，但也不能忽视。妇科疾病：女性如果患有一些妇科疾病，像盆腔炎等，坐着时也可能出现腰部牵涉性疼痛，同时可能还会有下腹部不适、白带异常等表现。