怀孕40天同房了，可能会对孕妇和胎儿产生一定的影响，需要及时就医，并在医生的指导下进行检查和治疗。具体处理措施如下：
1.及时就医：怀孕40天时，胎儿着床还不稳定，同房可能会刺激子宫收缩，增加流产的风险。因此，建议及时就医，进行B超检查，了解胎儿的情况。
2.注意休息：在医生的指导下，孕妇需要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态。
3.禁止同房：在怀孕的前三个月，胎儿还不稳定，孕妇需要禁止同房，以避免对胎儿造成不良影响。
4.补充叶酸：怀孕前三个月是胎儿神经管发育的关键时期，孕妇需要补充叶酸，预防神经管畸形。
5.定期产检：在医生的指导下，孕妇需要定期进行产检，了解胎儿的发育情况。
需要注意的是，每个孕妇的身体状况和胎儿的情况都不同，因此处理措施也可能会有所不同。在怀孕期间，孕妇需要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，定期进行产检，以确保胎儿的健康发育。