怀孕40天属于孕早期，此时胎盘尚未形成，孕囊与子宫壁的连接还不紧密，同房可能会刺激子宫收缩，增加流产的风险。但并不是所有的孕妇在孕早期同房后都会出现流产，具体情况需要因人而异。如果在怀孕40天的时候同房了，可以通过以下方法来处理。
1.观察身体状况：如果在同房后没有出现腹痛、阴道流血等异常情况，可以先观察身体状况。如果出现了上述异常情况，应及时就医。
2.及时就医：如果出现了腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就医，进行B超检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以了解孕囊的情况和胚胎的发育情况。如果孕囊和胚胎发育良好，可以在医生的指导下进行保胎治疗。如果孕囊发育不良或已经流产，需要及时进行清宫手术。
3.注意休息：在怀孕的前3个月，孕囊着床尚不稳定，应避免剧烈运动和过度劳累，注意休息，保持良好的生活习惯。
4.补充叶酸：在备孕和怀孕的前3个月，应补充叶酸，以预防神经管畸形。
5.定期产检：在怀孕的过程中，应定期进行产检，以了解孕囊和胚胎的发育情况。如果有任何异常情况，应及时就医。
总之，在怀孕的前3个月，应避免同房，注意休息，保持良好的生活习惯，定期进行产检，以确保孕囊和胚胎的发育情况。如果在同房后出现了异常情况，应及时就医，进行相应的检查和治疗。