早上起床痰是褐色的可能是生理因素、环境因素、疾病因素等原因所致，可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行改善，建议及时就医。具体分析如下：
1.生理因素：如果长期生活在空气质量较差的环境中，或经常吸烟，可能会导致呼吸道黏膜受到刺激，使分泌物增多，从而出现早上起床痰是褐色的现象。此外，如果在睡觉前吃了较多辛辣、刺激性的食物，或过度饮酒，也可能会导致这种情况。通常无需特殊治疗，建议改善生活环境，尽量避免吸烟，保持清淡饮食，同时多喝水，有助于稀释痰液，缓解症状。
2.环境因素：如果患有鼻炎、鼻窦炎等疾病，可能会导致鼻涕倒流，使痰液中带有褐色分泌物。此外，如果患有肺炎、肺结核等疾病，也可能会导致肺部感染，使痰液中带有褐色物质。通常需要针对病因进行治疗，如鼻炎、鼻窦炎可使用布地奈德鼻喷雾剂、糠酸莫米松鼻喷雾剂等药物进行治疗；肺炎可使用阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯片等药物进行治疗；肺结核可使用异烟肼片、利福平胶囊等药物进行治疗。
3.疾病因素：如果患有肺癌、支气管扩张等疾病，也可能会导致早上起床痰是褐色的。此外，如果患有心力衰竭等疾病，也可能会导致肺部淤血，使痰液中带有血液，从而出现这种情况。通常需要针对病因进行治疗，如肺癌可进行手术治疗、放疗、化疗等；支气管扩张可使用阿莫西林胶囊、头孢克洛胶囊等药物进行治疗；心力衰竭可使用地高辛片、呋塞米片等药物进行治疗。
患者在治疗期间需要注意保持呼吸道湿润，可适当食用梨、银耳等食物，避免食用辣椒、花椒等辛辣、刺激性的食物，同时应避免吸烟，以免加重病情。