咽口水耳朵疼可能由多种原因引起，比如急性中耳炎，这种情况在儿童中较为常见，大约有30%左右的儿童在感冒后可能并发急性中耳炎，从而出现咽口水耳朵疼的症状。
耳部本身疾病导致
外耳道炎：如果外耳道发生炎症，当咽口水时，下颌关节活动会牵扯到外耳道周围的组织，刺激炎症部位，就会引起耳朵疼。外耳道炎分为急性和慢性，急性外耳道炎发作时疼痛较为明显，可能还伴有外耳道红肿、分泌物增多等表现。中耳炎：当中耳发生炎症时，咽口水会使咽鼓管受压，导致中耳内压力变化，刺激炎症部位引发疼痛。急性中耳炎除了咽口水耳朵疼，还可能有听力下降、耳鸣等症状，儿童患急性中耳炎的概率相对较高。
咽喉部疾病累及耳部
急性扁桃体炎：扁桃体与耳部通过神经有一定关联，当扁桃体发生急性炎症时，炎症可能会波及到耳部，引起咽口水时耳朵疼。急性扁桃体炎患者通常会有扁桃体红肿、疼痛明显、发热等症状，体温可能会达到38℃以上。咽炎：急慢性咽炎都可能导致咽口水耳朵疼，尤其是急性咽炎发作时。咽部的炎症可以通过神经反射影响到耳部，患者除了咽部疼痛、咽干、咽痒等症状外，还可能出现耳朵牵涉痛。
其他原因
颞下颌关节紊乱综合征：如果颞下颌关节出现问题，咽口水时下颌运动，会导致关节周围组织受到影响，也可能引起耳朵疼。这种情况在经常咀嚼硬物、单侧咀嚼习惯的人群中较为常见，患者可能还会感觉到关节弹响、张口受限等情况。