肛瘘主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛瘘与肛腺感染相关。肛腺开口于肛窦，当肛窦受到损伤或感染时，细菌容易侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症向周围蔓延，就可能形成肛瘘。
肛腺感染引发肛瘘
肛窦损伤： 粪便干结等原因容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，大便过硬擦伤肛窦，就为细菌入侵创造了条件。一旦肛窦受损，细菌进入肛腺，就开启了肛瘘形成的第一步。肛腺炎蔓延： 肛腺感染后会发炎肿胀，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延，逐渐形成脓肿，脓肿破溃后，就有可能形成肛瘘。一般感染后数周内可能就会出现相关症状。
肛周脓肿未及时处理
肛周脓肿发展： 肛周脓肿如果没有得到及时有效的治疗，比如脓肿自行破溃但引流不彻底，或者脓肿被切开引流后，伤口难以愈合，就很容易转变为肛瘘。大约有1/3的肛周脓肿患者后续会发展为肛瘘。处理不规范的影响： 如果肛周脓肿处理时切口不合适，引流不畅，也会增加肛瘘形成的风险。比如切口太小，脓液不能完全排出，炎症持续存在，就容易引发肛瘘。
其他因素相关
克罗恩病等疾病： 像克罗恩病这类肠道疾病，也可能引发肛瘘。克罗恩病会导致肠道炎症，累及肛周时就容易出现肛瘘症状，这类患者中约有10% - 20%会并发肛瘘。结核杆菌感染： 结核杆菌感染也可能引起肛瘘，不过相对来说比较少见。如果有结核病史或者接触史，同时出现肛周异常，就要考虑结核杆菌感染导致肛瘘的可能。