一般情况下，拔牙后24小时内疼痛较为明显，3天后疼痛逐渐缓解。如果拔牙第三天才开始疼，可能是由以下原因引起的。
1.干槽症：干槽症是拔牙后常见的并发症之一，多发生于拔牙后3-5天，表现为拔牙窝剧烈疼痛，可向耳颞部、下颌区或头顶部放射，一般镇痛药不能缓解。检查时可发现拔牙窝内空虚，有腐败变性的血凝块，呈灰白色。治疗方法是在局麻下彻底清创，隔离外界对牙齿槽窝的刺激，促进肉芽组织生长。
2.感染：拔牙后如果不注意口腔卫生，或拔牙创受到细菌感染，也会引起疼痛。此外，还可能伴有局部红肿、发热等症状。治疗方法是使用抗生素进行抗感染治疗。
3.邻牙或对侧牙疾病：如果拔牙侧的邻牙或对侧牙有疾病，也可能引起疼痛。例如，牙髓炎、根尖周炎等疾病可导致牙齿疼痛，疼痛可能会放射至拔牙侧。
4.其他：拔牙后过度运动、吸烟、饮酒等也可能导致拔牙后疼痛加重。
如果拔牙第三天才开始疼，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。同时，拔牙后要注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，避免吸烟、饮酒等。对于特殊人群，如孕妇、高血压患者、糖尿病患者等，拔牙后需要更加注意口腔护理和饮食调整，并在医生的指导下进行治疗。