在拔完智齿第三天后牙疼，可能是由以下原因引起的。
1.干槽症：干槽症是一种在拔牙后3-4天出现的严重疼痛，通常在拔牙窝处发生。其主要原因是口腔细菌感染，导致血凝块脱落，牙槽骨暴露。此时，需要及时就医，医生可能会进行清创处理，并使用抗生素来缓解疼痛和感染。
2.拔牙后创口感染：如果拔牙后口腔卫生不佳，或在拔牙过程中细菌进入创口，可能会引起感染，导致疼痛。此时，创口可能会出现红肿、溢脓等症状。可以使用盐水漱口，保持口腔清洁，并在医生的指导下使用抗生素。
3.邻牙或其他牙齿问题：智齿拔除后，周围的牙齿或其他牙齿可能会受到影响，导致疼痛。例如，邻牙的龋齿、牙髓炎等可能会引起疼痛。需要进行口腔检查，以确定疼痛的原因，并进行相应的治疗。
4.其他因素：此外，拔牙后精神紧张、压力过大、饮食不当等也可能导致牙疼。
针对这种情况，你可以采取以下措施。
1.保持口腔清洁：使用盐水漱口，避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重疼痛。
2.口服止痛药：如果疼痛较为明显，可以口服止痛药来缓解疼痛，但需按照医生的建议使用。
3.观察症状：注意观察疼痛的程度、持续时间、是否伴有其他症状等，以便及时就医。
4.及时就医：如果疼痛持续加重或出现其他异常症状，应及时就医，以便进行进一步的诊断和治疗。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，因此在采取措施之前，最好咨询医生的建议。同时，拔牙后的恢复过程需要注意口腔卫生和饮食，避免剧烈运动，以促进创口的愈合。