假性尖锐疣与真的尖锐湿疣在多个方面存在区别。首先，从病因来看，假性尖锐疣可能与生理变异或慢性炎症刺激有关，而尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，有研究表明约90%的尖锐湿疣与低危型HPV6、11型感染相关。
外观表现差异
假性尖锐疣：通常表现为发生在女性小阴唇内侧的淡红色或黏膜色的鱼子样或绒毛样小丘疹，表面光滑，群集但不融合，大小相对比较均匀。尖锐湿疣：初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，颜色可为红色、污灰色或正常皮色等。
生长部位差异
假性尖锐疣：主要好发于女性的小阴唇内侧、阴道前庭等部位。尖锐湿疣：好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜处，如男性的冠状沟、龟头、包皮系带等，女性的大小阴唇、阴道口、会阴等部位，也可出现在肛门及肛周等部位。
生长速度差异
假性尖锐疣：生长速度比较缓慢，可能长时间没有明显变化。尖锐湿疣：生长速度相对较快，有的患者在短期内就会看到疣体明显增大增多。比如有的患者感染HPV后，几周内就可能发现外阴等部位出现新的疣体。
病理检查差异
假性尖锐疣：病理检查可见正常的黏膜组织，没有HPV感染的特征性改变。尖锐湿疣：病理检查可发现特征性的挖空细胞等HPV感染相关的病理改变。通过醋酸白试验也有区别，假性尖锐疣醋酸白试验一般呈阴性，而尖锐湿疣醋酸白试验多呈阳性。