三个月宝宝脾胃不好可通过以下方式进行调理：
1.饮食调整：
母乳喂养：对于母乳喂养的宝宝，妈妈应注意自己的饮食，避免食用辛辣、油腻、生冷等刺激性食物，以免影响宝宝的脾胃功能。
人工喂养：选择适合宝宝年龄的配方奶粉，按照说明进行冲泡，避免过浓或过稀。同时，可适当增加喂奶次数，减少每次喂奶量，以减轻宝宝脾胃负担。
添加辅食：如果宝宝已经开始添加辅食，应从单一到多样，逐渐增加辅食的种类和数量。添加辅食时应选择易消化的食物，如米粉、蔬菜泥、水果泥等。
2.按摩：
腹部按摩：用手掌在宝宝的腹部顺时针按摩，每次5-10分钟，以促进宝宝的肠胃蠕动，帮助消化。
捏脊：让宝宝趴在床上，用双手沿着宝宝的脊柱从下往上捏，可刺激穴位，调节脾胃功能。
3.注意保暖：
保持室内温度适宜，避免宝宝腹部受凉。
给宝宝更换尿布时，动作要快，避免腹部受寒。
4.适当运动：
让宝宝多趴着，有助于锻炼颈部和背部肌肉，促进肠胃蠕动。
也可在医生的指导下，进行一些适合宝宝的运动，如被动操等。
5.药物治疗：
如果宝宝脾胃不好的症状较为严重，可在医生的指导下使用一些药物，如妈咪爱、双歧杆菌等益生菌，调节肠道菌群；或使用健儿消食口服液、小儿健脾散等中成药，健脾开胃。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，因此在进行调理时，应根据宝宝的具体情况选择合适的方法。如果宝宝的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。