毛囊炎的治疗药物需根据病情等因素而定，一般细菌感染引起的毛囊炎可使用抗生素类药物，真菌感染引起的则需用抗真菌药物。
一、细菌感染性毛囊炎
由金黄色葡萄球菌等细菌感染引发的毛囊炎，常用药物有莫匹罗星软膏等。这类药物通过抑制细菌蛋白质合成发挥抗菌作用，能有效杀灭引起毛囊炎的细菌，减轻炎症反应。
二、真菌感染性毛囊炎
若为马拉色菌等真菌感染导致的毛囊炎，可选用酮康唑乳膏等抗真菌药物。酮康唑能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌功效，缓解真菌感染引起的毛囊炎症状。
对于儿童患者，使用药物时需格外谨慎，应在医生指导下选择合适的药物，因为儿童的皮肤和身体代谢与成人有所不同，不当用药可能会对儿童造成不良影响。比如儿童使用抗生素类药物时，要考虑其肝肾功能发育情况，避免药物对儿童脏器造成损害。而孕妇等特殊人群，使用药物更需权衡利弊，应在医生充分评估后选择对胎儿等无明显不良影响的药物进行治疗。