治疗毛囊炎的药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能有效抑制毛囊炎部位的细菌感染，大约可以在3 - 7天看到一定的改善效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，它通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥杀菌作用，适用于局部症状较轻的毛囊炎患者，直接涂抹在患处即可。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，能渗透进入皮肤，抑制细菌的生长繁殖，使用时取适量均匀涂抹于患处。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长，一般每天使用1 - 2次，连续使用几周可能会有效果。硝酸咪康唑乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎，通过干扰真菌细胞的代谢过程来达到抗真菌的目的，外用时涂抹在清洁干燥的患处。
中药类外用药
如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效，将其用醋或适量植物油调制成糊状后，涂抹在毛囊炎的患处，能缓解红肿热痛等症状，对于一些热毒蕴结型的毛囊炎有一定疗效。连翘败毒丸（外用相关制剂）： 从中医角度，它有清热解毒的作用，可辅助治疗毛囊炎，其外用制剂能帮助减轻局部的炎症反应，促进毛囊炎的恢复。
口服药物情况
如果毛囊炎比较严重，或者反复发作，可能需要口服药物。比如对于细菌感染严重的情况，可能会用到头孢类抗生素，但具体使用需要医生根据病情判断。而对于真菌性毛囊炎，如果口服抗真菌药物，像伊曲康唑等，也需要在医生的指导下使用，因为这类药物有一定的肝毒性等副作用，需要监测肝功能等指标。同时，特殊人群如儿童、孕妇等使用口服药物时需要格外谨慎，必须由医生评估后再决定是否使用及选择合适的药物。