小便时小腹疼可能由多种原因引起。比如泌尿系统感染，像膀胱炎，女性发病率相对较高，大约20%的女性在一生中会患膀胱炎。
泌尿系统感染导致
膀胱炎：除了小腹疼，还可能有尿频、尿急等症状。一般是细菌感染引起，大肠杆菌是常见的致病菌。患者会频繁有尿意，每次尿量不多，排尿时尿道有灼热感。尿道炎：也会引发小便时小腹疼，男性尿道炎可能由淋病奈瑟菌或衣原体、支原体感染导致，女性则可能因不注意私处卫生等引起。患者尿道外口会有红肿，有少量稀薄分泌物。
泌尿系统结石引发
肾结石：当结石在肾盂或输尿管移动时，会刺激尿路黏膜，引起小腹疼。结石较小的话，可能会随尿液排出，这个过程中会引起剧烈的绞痛。患者还可能出现血尿，尿液颜色发红。输尿管结石：主要症状是突然发作的剧烈腹痛，向会阴部放射，同时伴有小便时小腹疼，还可能有恶心、呕吐等症状。
其他原因所致
前列腺炎：多见于男性，尤其是中年男性。慢性前列腺炎患者会有小腹坠胀、隐痛，小便时也可能出现不适。同时还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。膀胱过度活动症：以尿急症状为特征，伴有尿频和夜尿症状，可伴或不伴有急迫性尿失禁，也可能出现小便时小腹疼的情况。患者白天排尿次数可能大于8次，夜间大于2次。