腰椎穿刺术主要用于诊断一些中枢神经系统的器质性疾病，其适应症包括各种类型的中枢神经系统感染、蛛网膜下腔出血、脑膜癌、脑转移瘤，或者一些需要行颅内压力测定，明确有没有高颅压或有没有椎管梗阻的病人。
还有需要反复进行药物鞘内注射，治疗脑内疾病的。其禁忌症主要是颅压明显升高，有脑疝征象的病人，或者是怀疑有小脑肿瘤、出血等后颅窝占位性病变的患者。
如果穿刺部位有感染，有脊柱结核或者其他开放性损伤，也不建议做腰穿。有明显的出血倾向或者病情危重、生命体征不稳定者，有脊髓压迫症，功能即将完全丧失的患者，都不建议做腰穿。