小阴唇内侧长疙瘩很疼可能是由以下疾病引起的：
1.外阴炎：外阴炎是由于病原体侵犯或受到各种不良刺激引起的外阴发炎，是妇科炎症的一种。可出现阴唇部位肿胀、疼痛、瘙痒、烧灼感等症状，疙瘩可能是搔抓或摩擦后形成的。
2.阴道炎：阴道炎是阴道黏膜及黏膜下结缔组织的炎症，是妇科常见疾病。如果小阴唇内侧的疙瘩是由阴道炎引起，还可能伴有阴道分泌物异常（如白带增多、有异味、颜色异常等）、性交痛等症状。
3.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的一种性传播疾病。主要表现为外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区出现丘疹、乳头状、菜花状或鸡冠状肉质赘生物，可有瘙痒、疼痛或性交痛等症状。
4.生殖器疱疹：生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）感染泌尿生殖器及肛周皮肤黏膜而引起的一种炎症性水疱。主要表现为外生殖器或肛门周围群簇或散在的小水疱，破溃后形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。
5.梅毒：梅毒是由梅毒螺旋体感染引起的一种慢性全身性性传播疾病。一期梅毒的主要表现为硬下疳，即在生殖器部位出现圆形或椭圆形的无痛性溃疡，边界清楚，疮面较清洁，触诊基底有软骨样硬度。二期梅毒可出现皮肤黏膜损害，如梅毒疹、扁平湿疣等，也可能出现口腔、咽喉、生殖器等部位的黏膜损害，伴有疼痛。
如果小阴唇内侧长疙瘩很疼，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、HPV检测、梅毒螺旋体检测等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，应注意个人卫生，保持外阴清洁，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。