长时间憋尿可能导致泌尿系统问题，引起两侧腰疼。主要原因如下：
1.尿液反流：憋尿时，尿液可能反流到输尿管和肾脏，引起炎症和刺激，导致腰疼。
2.肾盂积水：憋尿导致尿液潴留，使肾盂扩张，压力增加，从而引起腰疼。
3.肌肉紧张：憋尿时，腹部和腰部的肌肉会持续紧张，时间过长可能导致肌肉疲劳和疼痛。
4.心理因素：长期憋尿可能导致心理紧张和焦虑，进而引发腰疼。
如果出现憋尿后两侧腰疼的情况，应及时就医，进行相关检查，如尿液分析、超声等，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，应养成良好的排尿习惯，避免长时间憋尿，保持泌尿系统的健康。
此外，腰疼还可能由其他原因引起，如腰椎间盘突出、肾脏疾病等。如果腰疼持续不缓解或伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛、血尿等，应及时就医，以便明确诊断并进行治疗。