憋尿时间长了两侧腰疼，可能与以下原因有关。
1.泌尿系统感染：憋尿会导致尿液中的细菌繁殖，增加泌尿系统感染的风险。感染可引起膀胱炎、尿道炎等，从而导致腰疼。
2.肾盂肾炎：肾盂肾炎是肾脏和肾盂的炎症，常由泌尿系统感染上行引起。憋尿时，细菌更容易逆行感染肾盂，导致炎症和疼痛。
3.泌尿系统结石：长期憋尿可能导致尿液浓缩，增加结石形成的风险。结石可刺激输尿管和肾脏，引起腰疼。
4.肌肉紧张：憋尿时，腹部和腰部的肌肉会持续紧张，长时间保持这种状态可能导致肌肉疲劳和疼痛。
5.心理因素：憋尿可能引起焦虑、紧张等心理情绪，这些情绪也可能导致腰疼的感觉。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，腰疼还可能与其他疾病有关。如果腰疼持续不缓解或伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛、血尿、发热等，应及时就医，进行相关检查，如尿液检查、超声检查等，以明确病因并采取相应的治疗措施。
此外，为了预防憋尿引起的腰疼，应养成良好的排尿习惯，不要憋尿。同时，注意个人卫生，多喝水，有助于预防泌尿系统感染。对于已经出现腰疼的患者，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。在医生的指导下，进行适当的治疗和康复训练。
孕妇、老年人、糖尿病患者等特殊人群，由于身体状况的原因，更容易发生泌尿系统感染和结石等问题，因此更应注意避免憋尿，保持良好的生活习惯。如果出现腰疼等不适症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。