一侧扁桃体肿大疼痛多由感染引起，最常见的是急性扁桃体炎，通常由A组乙型溶血性链球菌等细菌感染导致，也可能是病毒感染所致，比如EB病毒等。一般来说，细菌感染引起的一侧扁桃体肿大疼痛，可能会伴有发热，体温可达到38℃以上。
感染因素导致的情况
细菌感染：
链球菌感染： A组乙型溶血性链球菌是引发一侧扁桃体肿大疼痛较常见的细菌，这种感染通常起病较急，患者除了一侧扁桃体肿大疼痛外，还可能有高热，体温可达39℃左右，咽部疼痛明显，吞咽时加重。葡萄球菌感染： 金黄色葡萄球菌等葡萄球菌感染也可能导致一侧扁桃体肿大疼痛，相对链球菌感染，起病可能稍缓，但也会出现局部红肿、疼痛，伴有不同程度的全身症状。
病毒感染：
EB病毒感染： 感染EB病毒后，除了可能引起传染性单核细胞增多症，导致一侧扁桃体肿大疼痛外，还常伴有发热、咽痛、颈部淋巴结肿大等表现，病程可能会持续1 - 2周左右。腺病毒感染： 腺病毒感染也可造成一侧扁桃体肿大疼痛，患者可能同时出现咳嗽、流涕等呼吸道症状，一般病程在1周左右，部分患者发热可持续3 - 5天。
非感染因素导致的情况
过敏反应：
食物或药物过敏： 如果对某些食物（如坚果、海鲜等）或药物（如青霉素等）过敏，可能引发一侧扁桃体肿大疼痛，同时还可能伴有全身其他部位的过敏表现，如皮肤瘙痒、皮疹等。一般在接触过敏原后较短时间内（数小时内）就会出现症状。
邻近器官炎症蔓延：
咽炎蔓延： 咽部邻近的炎症，如咽炎如果没有得到及时控制，炎症可能蔓延至扁桃体，导致一侧扁桃体肿大疼痛，这种情况一般是在原有咽炎症状基础上，扁桃体症状逐渐出现并加重。
其他因素：
外伤： 咽部受到外伤，如进食时被鱼骨等刺伤扁桃体，也可能引起一侧扁桃体肿大疼痛，通常有明确的外伤史，局部会有明显的疼痛和肿胀表现。