室间隔膜周部缺损有一定的自愈可能，一般来说，小型的室间隔膜周部缺损在1岁以内有一定的自愈几率，大约有20%~50%的小型室间隔膜周部缺损可以自愈。
缺损大小与自愈的关系
小型缺损： 直径小于5毫米的室间隔膜周部缺损，自愈的可能性相对较大。这类缺损对心脏血流动力学影响较小，随着孩子生长发育，有自行闭合的机会。比如一些刚出生发现的小型室间隔膜周部缺损，在1岁内闭合的概率较高。中型缺损： 直径在5~10毫米之间的室间隔膜周部缺损，自愈的概率相对小型缺损要低一些。但也有部分孩子在生长过程中可能闭合。大型缺损： 直径大于10毫米的室间隔膜周部缺损，自愈的可能性非常小。这类缺损对心脏功能影响较大，一般需要通过医疗干预来解决。
年龄因素对自愈的影响
婴儿期： 婴儿时期发现的室间隔膜周部缺损，有一定的时间来观察是否自愈。因为婴儿的心脏还在不断发育，有闭合的潜力。幼儿期及以后： 随着孩子年龄增长到幼儿期甚至更大，室间隔膜周部缺损自愈的可能性逐渐降低。到了一定年龄后，通常就需要考虑手术等治疗手段了。
伴随症状与自愈的关联
无症状的室间隔膜周部缺损： 如果孩子没有明显的症状，如呼吸急促、反复呼吸道感染、生长发育迟缓等，小型的室间隔膜周部缺损自愈的机会相对较高。这时候只需要定期复查心脏超声，观察缺损的变化情况即可。有症状的室间隔膜周部缺损： 当孩子出现明显症状时，比如经常感冒、肺炎，活动后气促，生长发育比同龄儿童落后等，这时候室间隔膜周部缺损自愈的可能性较小，往往需要及时就医，评估是否需要进行治疗干预，如介入治疗或外科手术等。