孕三个月肚子隐隐作痛可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现。以下是一些可能的原因：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。这个过程中，子宫可能会出现轻微的收缩和疼痛，通常是隐隐作痛，类似于月经痛。这种疼痛通常是正常的，不会对胎儿造成影响。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸，这可能会导致腹部轻微的疼痛或不适感。这种疼痛通常是双侧的，而且是钝痛。
3.消化不良：怀孕后，激素水平的变化可能会导致消化系统的变化，如胃酸反流、胃胀、便秘等。这些问题可能会引起腹部不适或疼痛。
4.其他原因：除了上述原因外，还有其他一些情况可能导致孕三个月肚子隐隐作痛，如子宫肌瘤、卵巢囊肿、先兆流产等。
如果疼痛持续或加重，或者伴有阴道出血、发热等其他症状，应及时就医，进行相关检查，以排除其他潜在的问题。
以下是一些可能需要进行的检查：
1.超声检查：通过超声检查可以了解胎儿的发育情况，排除宫外孕等异常情况。
2.血液检查：医生可能会建议进行血液检查，如血常规、孕酮等，以评估孕妇的健康状况。
3.其他检查：根据具体情况，医生可能还会建议进行其他检查，如宫颈检查、尿常规等。
需要注意的是，每个孕妇的情况都可能不同，因此具体的检查项目和处理方法可能会有所差异。在孕期，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的饮食习惯，如有任何不适，应及时就医。同时，定期进行产前检查也是非常重要的，可以及时发现和处理任何潜在的问题，保障孕妇和胎儿的健康。