患者在早上起来的时候太阳穴疼痛，可能是感冒、发烧，也有可能是偏头痛或神经功能衰弱引起的。具体要结合患者的发病形式、基础疾病以及诱因伴随症状进行分析:
1、患者如果伴有肌肉酸痛、发热等症状，考虑是上呼吸道感染原因引起的。
2、患者如果既往有偏头痛的病史、神经性头痛，可能是头痛的再发作。
3、患者如果两侧的太阳穴表现为胀痛为主，要测血压，可能是血压升高、血压波动引起的。
4、患者如果夜间失眠、熬夜、睡眠不好，会导致脑神经功能紊乱，早上起来的时候也会表现为两侧太阳穴的疼痛。但是患者会同时伴有困倦感、头脑不清晰、昏昏沉沉。