长水痘喉咙很痛主要是由于水痘-带状疱疹病毒感染，引发喉部炎症反应所致。具体分析如下：
1.水痘-带状疱疹病毒感染：水痘带状疱疹病毒由呼吸道黏膜进入血液形成病毒血症，发生水痘或呈隐性感染，以后病毒可长期潜伏在脊髓后根神经节或者颅神经感觉神经节内。当机体受到某种刺激（如创伤、疲劳、恶性肿瘤或病后虚弱等）导致机体抵抗力下降时，潜伏病毒被激活，沿感觉神经轴索下行到达该神经所支配区域的皮肤内复制产生水疱，同时受累神经发生炎症、坏死，产生神经痛。
2.喉部炎症反应：喉部的黏膜组织也会受到水痘病毒的侵袭，引发炎症反应。炎症会导致喉部肿胀、疼痛，尤其是吞咽时疼痛更为明显。
患者在治疗期间需要注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，可适当食用富含维生素的食物，如蔬菜、水果等，有助于缓解喉咙疼痛。同时，应避免吸烟和饮酒，以免加重喉部炎症。