三个月宝宝咳嗽有痰，可能是感冒、喉炎、肺炎等引起的，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。以下是一些可能的治疗方法：
1.一般治疗：
多喝水：多喝水可以帮助稀释痰液，促进痰液咳出。
保持空气湿润：可以使用加湿器增加空气湿度，缓解咳嗽和咳痰的症状。
拍背：空心掌轻轻拍打宝宝的背部，有助于痰液咳出。
2.药物治疗：
止咳祛痰药：如果宝宝咳嗽严重，可以在医生的指导下使用止咳祛痰药，如氨溴索、氨溴特罗等。
抗生素：如果是细菌感染引起的咳嗽有痰，可能需要使用抗生素治疗，如阿莫西林、头孢克洛等。
抗病毒药：如果是病毒感染引起的咳嗽有痰，一般不需要使用抗病毒药物，可自行恢复。
3.其他治疗：
雾化治疗：对于咳嗽有痰的宝宝，雾化治疗是一种有效的治疗方法。可以使用氨溴索、布地奈德等药物进行雾化吸入，帮助稀释痰液，缓解咳嗽症状。
中医治疗：中医认为咳嗽有痰可能与肺热、脾虚等有关，可以采用中药治疗、推拿、按摩等方法。
需要注意的是，三个月的宝宝年龄较小，身体各器官发育尚未完善，用药需要谨慎，必须在医生的指导下使用。同时，如果宝宝咳嗽有痰的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以免延误病情。