12岁少年膝盖疼的原因比较复杂，可能与外伤、生长痛、膝关节炎、髌骨软化症、半月板损伤等有关。
外伤：如果孩子在活动中不小心摔倒，或受到碰撞、挤压等外力作用，可能导致膝盖部位的肌肉、韧带、半月板等组织损伤，从而引起疼痛。
生长痛：这是12岁孩子常见的一种疼痛，多发生在膝关节及其周围，一般没有明显的红肿、发热等症状。生长痛的原因可能与孩子骨骼生长过快、肌肉和肌腱生长相对较慢有关。
膝关节炎：如果孩子患有膝关节炎，也会出现膝盖疼痛的症状，同时可能伴有肿胀、活动受限等表现。膝关节炎可由感染、创伤、自身免疫等因素引起。
髌骨软化症：髌骨软化症是髌骨软骨面的一种退行性改变，主要表现为膝盖疼痛、酸软无力，尤其在上下楼梯、下蹲时更为明显。
半月板损伤：半月板是膝关节内的一种纤维软骨结构，损伤后可引起疼痛、肿胀、膝关节交锁等症状。半月板损伤多与剧烈运动、外伤等有关。
其他：青少年型类风湿关节炎、强直性脊柱炎、血友病性关节炎等疾病也可能导致孩子膝盖疼痛。
如果孩子出现膝盖疼痛的症状，家长应引起重视，及时带孩子到医院就诊，进行相关检查，如X线、CT、磁共振成像（MRI）等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。同时，家长要注意让孩子多休息，避免剧烈运动，注意保暖，避免膝盖受凉。