宝宝发烧39.6°C可能会对脑子造成损害，但这种情况并不是一定会发生的。
发烧是身体对抗感染的一种正常反应，当宝宝的体温升高到39.6°C时，身体的免疫系统会被激活，以抵抗感染。然而，过高的体温可能会对大脑产生一定的影响，特别是在发烧持续时间较长或宝宝年龄较小的情况下。
发烧本身并不会直接烧坏脑子，但高烧可能导致身体代谢加快，氧气和营养物质的消耗增加，从而对大脑细胞产生一定的压力。在某些情况下，这种压力可能会导致大脑功能的暂时紊乱，如抽搐、昏迷等。
此外，如果发烧是由严重的感染引起的，如脑膜炎、脑炎等，病原体可能会直接侵犯大脑，导致更严重的脑损伤。
因此，当宝宝发烧39.6°C时，家长需要密切观察宝宝的情况，采取适当的降温措施，如使用退烧药、物理降温等，并及时就医，以便医生评估宝宝的病情并给予相应的治疗。
同时，家长还应该注意保持宝宝的水分摄入，避免过度捂热，定期测量体温，密切关注宝宝的精神状态、呼吸、心跳等情况。如果宝宝出现高热不退、精神萎靡、抽搐等异常症状，应立即送往医院急诊科就诊。
需要强调的是，每个宝宝的情况都是独特的，对于发烧的处理应根据具体情况进行个体化决策。如果家长对宝宝的健康有任何疑虑，最好咨询医生的建议。预防感染、及时就医和正确护理是保护宝宝健康的重要措施。