睡一觉起来腰疼可能由多种原因引起，比如床垫问题，若床垫过软或过硬，可能导致腰部肌肉在睡眠中无法得到良好支撑，持续处于紧张状态，经过一夜休息后就容易出现腰疼，一般来说，合适的床垫能让人在睡眠中保持脊柱正常生理曲度。
一、肌肉劳损方面
睡姿不当导致： 如果睡眠时长时间保持不正确的睡姿，像过度扭曲身体、长时间弯腰等姿势，会使腰部肌肉处于不正常的拉伸或收缩状态，经过6 - 8小时的睡眠后，肌肉疲劳积累，就容易引发腰疼。比如侧睡时如果弯曲幅度太大，也可能让腰部肌肉受累。白天劳累延续： 有些人白天从事重体力劳动或长时间剧烈运动，腰部肌肉已经处于疲劳状态，睡眠时虽然休息，但肌肉没有完全恢复，醒来后就会感觉腰疼。例如长时间搬重物的工人，睡眠后可能仍会有腰疼情况。
二、脊柱问题相关
腰椎间盘突出： 本身有腰椎间盘突出的人，睡眠中脊柱的位置变化可能会刺激到神经，导致醒来后腰疼。尤其是原本椎间盘退变比较明显的人群，睡眠时脊柱的微小移动都可能加重对神经的刺激，引发疼痛。脊柱侧弯： 有脊柱侧弯的人，睡眠时脊柱的侧弯状态可能没有得到良好纠正，经过一夜休息后，侧弯对腰部周围组织的牵拉等影响显现，就会出现腰疼。一般脊柱侧弯角度较大的人更容易出现这种情况。
三、疾病因素导致
肾结石： 如果肾脏内有结石，睡眠中身体体位改变，结石可能会移动，刺激肾脏或输尿管，从而引起腰疼。通常这种腰疼比较剧烈，可能还会伴有腹痛、血尿等症状。一般来说，结石直径较小的情况下也可能在睡眠体位改变时移动引发疼痛。强直性脊柱炎： 患有强直性脊柱炎的人，清晨起床后常常会有腰部僵硬、疼痛的感觉，这是因为夜间睡眠时脊柱处于相对固定的姿势，炎症反应积累，醒来后就会出现腰疼，而且这种疼痛活动后可能会有所缓解。