三个月婴儿缺钙可通过以下方式进行补充：
1.晒太阳：适当晒太阳能够促进婴儿自身维生素D的合成，进而促进钙的吸收。可每天安排婴儿在适宜的阳光下活动15-30分钟。
2.补充维生素D：三个月大的婴儿可在医生的指导下服用适量的维生素D滴剂，以帮助钙的吸收。
3.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈可以多吃一些富含钙的食物，如奶制品、豆制品、海鲜等，通过乳汁将钙传递给婴儿；如果是人工喂养，可根据奶粉罐体上的哺喂建议进行冲调。
4.补充钙剂：如果婴儿缺钙较为严重，可在医生的指导下服用钙剂。
需要注意的是，给婴儿补钙应遵循医生的建议，不要自行增减剂量。同时，要定期带婴儿进行体检，以监测钙的吸收情况。