小肚子疼但是不来月经可能由多种原因引起。比如，怀孕是常见原因之一，女性怀孕后受精卵着床可能会出现轻微腹痛，同时月经停止。另外，内分泌失调也可能导致这种情况，比如长期精神压力大、生活不规律等，可能会使体内激素水平紊乱，从而出现小肚子疼但不来月经的现象，有研究显示约15% - 20%的女性因内分泌失调出现月经异常相关症状。还有一些妇科疾病也会导致，像盆腔炎，患者除了小肚子疼，还可能伴有白带异常等情况，也会影响月经周期。
怀孕相关情况
早期着床：女性怀孕后，受精卵着床时有的会出现轻微腹痛，一般这种腹痛比较轻微，持续时间较短。如果月经该来没来且有小肚子疼，要考虑怀孕可能，可以通过早早孕试纸检测，一般月经推迟7天左右就能用试纸初步检测。宫外孕：宫外孕也会导致小肚子疼且不来月经，宫外孕是受精卵着床在子宫以外的部位，常见的是输卵管妊娠，患者除了腹痛，还可能有阴道少量出血等情况，一旦怀疑宫外孕需及时就医，通过超声等检查确诊。
内分泌失调因素
精神压力影响：长期处于高压力状态下，比如工作压力大、学习紧张等，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而引起内分泌失调，出现小肚子疼但不来月经的情况。建议尽量调整心态，每天保证一定的放松时间，比如每天花30分钟进行冥想等。生活不规律：长期熬夜、饮食不规律等也会导致内分泌失调。经常熬夜会影响激素的正常分泌节律，饮食不规律可能使身体营养摄入不均衡，进而影响月经周期，出现小肚子疼不来月经的状况。要尽量保持规律作息，每天保证7 - 8小时睡眠，饮食均衡。
妇科疾病导致
盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染性疾病，炎症刺激会导致小肚子疼，同时也会影响月经，使月经出现紊乱，不来月经或者月经异常。盆腔炎患者要注意个人卫生，尤其是经期卫生，勤换卫生巾等，积极配合医生治疗，一般需要使用抗生素等药物治疗。多囊卵巢综合征：这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者会出现月经失调，比如月经稀发、闭经等，同时伴有小肚子疼、多毛、肥胖等症状。患者需要调整生活方式，比如控制体重，适当运动，同时可能需要在医生指导下进行药物调理，改善内分泌状况。