四神丸和附子理中丸的区别主要体现在以下几个方面：
1.成分不同：四神丸的主要成分是肉豆蔻、补骨脂、五味子、吴茱萸；附子理中丸的主要成分是附子、党参、白术、干姜、甘草。
2.功效不同：四神丸具有温肾散寒、涩肠止泻的功效，主要用于治疗肾阳不足所致的泄泻，症见肠鸣腹胀、五更溏泻、食少不化、久泻不止、面黄肢冷。附子理中丸具有温中健脾的功效，主要用于治疗脾胃虚寒、脘腹冷痛、呕吐泄泻、手足不温。
3.适用症状不同：四神丸适用于肾阳不足所致的泄泻，症见肠鸣腹胀、五更溏泻、食少不化、久泻不止、面黄肢冷；附子理中丸适用于脾胃虚寒所致的脘腹冷痛、呕吐泄泻、手足不温。
4.使用方法不同：四神丸为口服，一次9克，一日1～2次；附子理中丸为口服，一次8～12丸，一日3次。
5.不良反应不同：四神丸的不良反应尚不明确；附子理中丸的不良反应主要有：
消化系统：如恶心、呕吐、腹胀、腹痛、腹泻等。
皮肤及其附件：如皮疹、瘙痒等。
其他：如头晕、头痛、水肿、发热等。
6.注意事项不同：
四神丸的注意事项尚不明确。
附子理中丸的注意事项主要有：
孕妇慎用。
不适用于急性肠胃炎，泄泻兼有大便不畅，肛门灼热者。
高血压、心脏病、肾病、咳喘、浮肿患者或正在接受其他药物治疗者应在医师指导下服用。
本品中有附子，服药后如有血压增高、头痛、心悸等症状，应立即停药，去医院就诊。
按照用法用量服用，小儿及年老体虚者应在医师指导下服用。
本品不宜长期服用。