男性小便时小肚子疼，可能与以下原因有关：
1.膀胱炎：膀胱位于小腹部位，炎症刺激可导致小腹疼痛，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。膀胱炎多由细菌感染引起，可使用左氧氟沙星、阿莫西林等药物治疗。
2.前列腺炎：前列腺位于膀胱下方，当前列腺发生炎症时，会刺激小腹和会阴部位，导致疼痛，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽、排尿困难等症状。前列腺炎的治疗方法包括药物治疗（如前列康、前列舒通等）、物理治疗（如微波、射频等）和手术治疗（如前列腺电切术等），具体治疗方法需根据病情严重程度选择。
3.尿道炎：尿道炎也可引起小腹痛，同时还可能出现尿道口红肿、尿频、尿急、尿痛等症状。尿道炎多由细菌感染引起，可使用头孢呋辛酯、阿奇霉素等药物治疗。
4.膀胱结石：膀胱结石可导致下腹部疼痛，疼痛可向阴茎头部放射，同时还可能伴有排尿困难、血尿等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动自行排出，较大的结石则需要进行手术治疗，如体外冲击波碎石术、经尿道膀胱结石碎石取石术等。
5.其他：精索静脉曲张、输尿管结石、肠痉挛等也可能导致男性小便时小肚子疼。
如果男性出现小便时小肚子疼的症状，建议及时就医，明确原因，以便进行针对性治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免过度劳累，多饮水，勤排尿，不憋尿，饮食宜清淡，避免食用辛辣刺激性食物。