牙根发黑的原因主要有以下几点：
1.龋齿：如果牙齿龋坏，会导致牙齿变黑。这是因为龋坏会破坏牙齿的珐琅质，使细菌和酸性物质更容易侵蚀牙齿，从而导致牙齿变黑。
2.牙结石：牙结石是由牙菌斑和食物残渣在牙齿表面沉积形成的。牙结石会刺激牙龈，导致牙龈发炎、出血，还会使牙齿逐渐变黄、变黑。
3.牙髓坏死：如果牙齿受到外伤、龋齿等原因导致牙髓坏死，牙髓中的血红蛋白会分解产生黑色素，导致牙齿变黑。
4.四环素牙：在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，会导致牙齿中的四环素沉积，使牙齿变黄、变黑。
5.氟斑牙：如果饮用水中氟含量过高，会导致牙齿出现氟斑，使牙齿变黄、变黑。
6.吸烟：吸烟会使牙齿表面沉积大量的尼古丁和焦油等物质，使牙齿变黄、变黑。
7.其他：如果长期食用深色食物、饮料，如咖啡、茶、红酒等，也会使牙齿染色，导致牙齿变黑。
如果发现牙根发黑，建议及时就医，进行口腔检查和治疗。如果是龋齿或牙结石引起的，可以通过洗牙、补牙等方式进行治疗；如果是牙髓坏死或四环素牙等原因引起的，可能需要进行根管治疗或烤瓷牙修复等。同时，建议保持良好的口腔卫生习惯，定期洗牙，避免吸烟和食用深色食物、饮料，以预防牙根发黑的发生。