阴茎起小水泡的原因可能是生殖器疱疹、包皮龟头炎、过敏等，具体如下：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。初次感染后，病毒会潜伏在骶神经节内，当机体免疫力下降时，病毒可被激活，导致生殖器部位出现水疱、溃疡等症状。生殖器疱疹可反复发作，对患者的生活和健康造成较大影响。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌、滴虫等感染引起，也可能与局部刺激、过敏等因素有关。龟头和包皮内板会出现红斑、丘疹、水疱等症状，伴有疼痛、瘙痒、异味等不适感。包皮过长或包茎者更容易发生包皮龟头炎。
3.过敏：使用某些药物、避孕套、避孕霜等可能导致过敏反应，使阴茎出现水疱。此外，接触某些过敏原，如某些化学物质、花粉等，也可能引起过敏反应。
4.其他原因：如阴茎接触性皮炎、病毒疹、梅毒等也可能导致阴茎起小水泡。
需要注意的是，阴茎起小水泡可能是多种疾病的表现，具体原因需要根据患者的具体情况进行综合分析。如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如疱疹病毒检测、梅毒抗体检测等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，保持阴茎清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免不洁性生活。