脚底三个小疙瘩特别痒，可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.足癣：由真菌感染引起，常伴有脱皮、水疱等症状。可以使用抗真菌药物，如克霉唑乳膏、酮康唑乳膏等。同时，要保持脚部清洁干燥，勤换袜子，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品。
2.湿疹：与过敏、遗传、环境等因素有关，常表现为皮肤瘙痒、红斑、丘疹等。可以使用糖皮质激素乳膏，如糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等。如果症状严重，需要口服抗组胺药物，如氯雷他定、西替利嗪等。
3.接触性皮炎：接触某些刺激性物质或过敏原后引起，表现为皮肤红肿、瘙痒、起疱等。首先要避免接触过敏原，然后使用糖皮质激素乳膏或炉甘石洗剂等药物治疗。
4.其他：如扁平苔藓、皮肤淀粉样变等疾病也可能导致脚底瘙痒。
如果脚底的小疙瘩持续不愈或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意保持脚部清洁卫生，避免搔抓，以免加重症状。