怀孕三个月后肚子疼且为双胞胎时，右边疼痛可能由多种原因引起，以下是一些建议：
1.生理性腹痛：怀孕三个月时，子宫增大，可能会牵拉子宫圆韧带，引起右边肚子疼。这是一种正常的生理现象，通常不需要特殊处理，注意休息即可。
2.先兆流产：如果肚子疼的同时伴有阴道出血，可能是先兆流产的症状。需要及时就医，医生一般会建议进行B超检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测，以确定胎儿的情况。如果确诊为先兆流产，需要卧床休息，并在医生的指导下使用保胎药物，如黄体酮、地屈孕酮等。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床，常见于输卵管。宫外孕可能导致肚子疼和阴道出血，严重时可能危及孕妇生命。如果怀孕后出现肚子疼，尤其是右边肚子疼，需要及时就医，进行B超检查和血hCG检测，以排除宫外孕的可能。
4.其他原因：怀孕期间，阑尾炎、右侧卵巢囊肿蒂扭转、右侧输尿管结石等也可能导致肚子疼。这些情况需要医生进行详细的检查和诊断，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，双胞胎怀孕的风险相对较高，肚子疼可能是一些严重问题的信号，也可能是正常的孕期反应。因此，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取适当的措施。同时，在怀孕期间，要注意休息，避免剧烈运动和劳累，保持良好的心态，按时进行产前检查。如果出现异常情况，应及时告知医生。