三个月大的婴儿咳嗽，可在医生的指导下使用以下药物：
1.止咳祛痰药：如果宝宝咳嗽有痰，医生可能会开一些止咳祛痰药，如氨溴索、氨溴特罗等，帮助稀释痰液，促进排出。
2.抗生素：如果咳嗽是由细菌感染引起的，医生可能会开抗生素，如阿莫西林、头孢克洛等。使用抗生素需要严格按照医生的建议，按时按量服用，不能自行增减剂量或停药。
3.抗过敏药：如果咳嗽是由过敏引起的，医生可能会开一些抗过敏药，如氯雷他定、西替利嗪等。
4.中药：一些中药也可以用于治疗咳嗽，如小儿肺热咳喘口服液、小儿止咳糖浆等。但需要注意的是，中药的使用需要在医生的指导下进行，不能自行使用。
需要注意的是，三个月大的婴儿身体各器官尚未发育完全，用药需要特别谨慎。在给宝宝用药之前，家长应该先带宝宝去看医生，明确咳嗽的原因，然后在医生的指导下选择合适的药物。同时，家长还应该注意给宝宝多喝水，保持室内空气湿润，避免宝宝接触过敏原等。