包皮上起小疙瘩的原因有很多，可能是感染、过敏、损伤、性病等，需要具体情况具体分析。以下是一些可能的原因：
1.感染：
细菌感染：如金黄色葡萄球菌、链球菌等感染，可导致包皮龟头炎，出现包皮上起小疙瘩、红肿、疼痛等症状。
真菌感染：如念珠菌感染，可导致包皮龟头炎或念珠菌性包皮龟头炎，出现红斑、丘疹、水疱等症状。
病毒感染：如人类乳头瘤病毒感染，可导致尖锐湿疣，出现菜花状、乳头状的赘生物。
其他感染：如滴虫感染，可导致滴虫性龟头炎，出现龟头红斑、丘疹、水疱等症状。
2.过敏：
接触过敏原：如避孕套、润滑剂、某些清洁剂等，可导致过敏反应，出现包皮上起小疙瘩、瘙痒、红肿等症状。
食物过敏：某些人可能对某些食物过敏，如海鲜、芒果等，可导致过敏反应，出现包皮上起小疙瘩、瘙痒、红肿等症状。
3.损伤：
机械损伤：如包皮过长或包茎，强行上翻包皮后可能导致包皮嵌顿，出现包皮上起小疙瘩、疼痛、肿胀等症状。
化学损伤：如使用某些刺激性药物或化学物质，可导致包皮上起小疙瘩、瘙痒、红肿等症状。
4.性病：
尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播，可导致包皮上起菜花状、乳头状的赘生物。
梅毒：由梅毒螺旋体感染引起，主要通过性接触传播，可导致包皮上起圆形或椭圆形的溃疡，不痛不痒。
生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播，可导致包皮上起水疱、红斑、疼痛等症状。
其他性病：如淋病、非淋菌性尿道炎等，也可导致包皮上起小疙瘩，但这些疾病通常还会伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛等。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，包皮上起小疙瘩还可能有其他原因。如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，保持包皮清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免使用刺激性的清洁剂或药物。如果有性伴侣，应同时进行检查和治疗，避免交叉感染。