怀孕40天孕囊的正常大小平均为5mm左右，一般在1cm以内。但孕囊的大小存在个体差异，可能与受孕时间、月经周期、胚胎发育情况等因素有关。
需要注意的是，仅凭孕囊大小并不能完全确定胚胎的发育情况，还需要结合其他指标，如胎芽、胎心搏动等。如果孕囊大小与孕周不符，医生可能会建议进行进一步的检查，如孕酮、HCG测定等，以评估胚胎的健康状况。
此外，在怀孕早期，孕囊的发育还不稳定，孕妇需要注意以下几点：
1.保持良好的生活习惯，如合理饮食、规律作息、避免过度劳累等。
2.避免接触有害物质，如放射线、化学毒物等。
3.按照医生的建议补充叶酸，预防神经管缺陷的发生。
4.注意个人卫生，避免感染。
5.避免性生活，以免引起流产。
6.按时进行产前检查，及时了解胚胎的发育情况。
如果对孕囊大小或其他孕期问题有任何疑问，建议及时咨询医生，以获得专业的建议和指导。