大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青蓝，大的外痔便后可自行回纳，较小的外痔需用手推回，常伴有疼痛、肿胀和异物感。
3.肛管或直肠损伤：肛管或直肠因外伤或手术而导致裂伤，排便时粪便刺激伤口可引起疼痛。
4.肛门直肠周围脓肿：是指肛门周围间隙发生的急慢性化脓性感染，脓肿破溃或切开引流后常形成肛瘘。其主要症状是肛周持续性跳动性疼痛，全身感染症状不明显。
5.内痔嵌顿：多因内痔脱出未及时回纳，痔核受括约肌夹持，静脉回流受阻，动脉血仍不断输入，使痔核体积增大，直至动脉血管被压闭，血栓形成，出现痔核变硬、疼痛，难以送回肛门内。
6.其他：肛窦炎、直肠炎等也可引起肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。以下是一些缓解疼痛的方法：
1.调整饮食：增加膳食纤维的摄入，多饮水，避免食用辛辣、刺激性食物。
2.保持肛门清洁：便后用温水清洗肛门，保持局部清洁干燥。
3.坐浴：用温盐水或中药坐浴，促进肛门局部血液循环，减轻疼痛。
4.药物治疗：可在医生的指导下使用痔疮膏、栓剂等药物。
5.其他：如针灸、按摩等也可缓解疼痛。
需要注意的是，以上方法只能缓解症状，不能根治病因。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，应及时就医，以免延误病情。