大便时出血、肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂的裂口。
2.痔疮：内痔或混合痔发展到一定程度即能脱出肛门外，内痔或混合痔脱出、嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，则出现疼痛。肛门视诊或直肠指诊可发现痔核。
3.肛管或直肠损伤：肛管或直肠受到外伤或器械检查时导致的损伤，可引起大便时出血、肛门疼痛。
4.直肠、结肠息肉：这类疾病也会导致大便时出血、肛门疼痛，血色鲜红、无痛、血与大便不混合。
5.溃疡性结肠炎：炎症累及直肠时可出现肛门疼痛、便血，同时伴有腹泻、腹痛、里急后重等症状。
6.缺血性肠病：因肠系膜动脉栓塞或血栓形成，导致肠管血流障碍，继而发生肠坏死，也会出现腹痛、便血等症状。
7.其他：肛门直肠肿瘤、感染性疾病（如肛窦炎、肛周脓肿等）、结直肠炎等也可能导致类似症状。
如果出现大便时出血、肛门疼痛的情况，应及时就医，进行相关检查（如肛门指诊、肛门镜检查、结肠镜检查等），以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，在就医前应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，保持大便通畅。