男生上厕所小便刺痛，通常是由泌尿系统感染引起的，能否自愈取决于多种因素。一般来说，如果是轻微的感染，且患者自身免疫力较强，可能会自愈。但如果感染较为严重，或存在其他潜在的健康问题，自愈的可能性较小，需要及时就医治疗。
以下是一些可能导致男生上厕所小便刺痛的原因和相应的建议：
1.尿道炎：尿道炎是最常见的泌尿系统感染之一，通常由细菌感染引起。除了小便刺痛外，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。如果是尿道炎引起的小便刺痛，需要及时就医，医生会根据病情给予抗生素治疗。在治疗期间，应注意多喝水，多排尿，有助于缓解症状和促进康复。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也会导致小便刺痛。此外，还可能伴有尿频、尿急、下腹部疼痛等症状。膀胱炎的治疗方法与尿道炎类似，需要使用抗生素。同时，患者应注意休息，避免过度劳累和饮酒等。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，可分为急性和慢性两种。除了小便刺痛外，还可能伴有会阴部疼痛、尿频、尿急、尿痛等症状。前列腺炎的治疗需要根据病情的严重程度来决定，一般包括药物治疗、物理治疗和手术治疗等。
4.泌尿系统结石：泌尿系统结石也可能导致小便刺痛，同时还可能伴有血尿、腰痛等症状。如果结石较小，可以通过多喝水、运动等方法促进结石排出；如果结石较大，需要进行手术治疗。
5.其他原因：除了上述原因外，还有一些其他因素可能导致小便刺痛，如尿道口狭窄、包茎、尿道炎等。
总之，男生上厕所小便刺痛不能自愈的情况较多，建议及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，患者应注意个人卫生，保持尿道口清洁，避免过度劳累和饮酒等，有助于预防泌尿系统感染的发生。