金匮肾气丸由附子、肉桂、熟地、山药、山茱萸、丹皮、泽泻、茯苓组成，有温补肾阳的作用，可治疗肾阳虚引起的多种症状；六味地黄丸由熟地、山药、山茱萸、丹皮、泽泻、茯苓组成，有滋补肾阴的功效，适用于肾阴不足所致的多种症状，二者在方剂组成和功效上有区别，应用时应根据患者具体情况在医生指导下选择。
金匮肾气丸和六味地黄丸的区别主要体现在方剂组成和功效上。
首先，方剂组成不同。金匮肾气丸由附子、肉桂、熟地、山药、山茱萸、丹皮、泽泻、茯苓组成；六味地黄丸则是在金匮肾气丸的方子上减去附子、肉桂，由熟地、山药、山茱萸、丹皮、泽泻、茯苓组成。
其次，功效有所差异。金匮肾气丸具有温补肾阳的作用，可用于治疗肾阳虚引起的多种症状，如阳痿、早泄、畏寒肢冷、尿频、尿失禁、头晕耳鸣、腰痛脚弱、少腹拘急、舌淡胖、脉沉细等。而六味地黄丸具有滋补肾阴的功效，适用于肾阴不足所致的头晕目眩、耳鸣耳聋、腰膝酸软、盗汗、遗精、口燥咽干、手足心热、失眠等。
总之，金匮肾气丸重在温补肾阳，六味地黄丸重在滋补肾阴，在应用时应根据患者的具体症状和体质，在医生的指导下进行选择。