HPV阴性但有疣体可能是假阳性、其他病毒感染、免疫抑制、疣体类型、检测局限性、取材不当或混合感染等原因引起，医生会采取重新检测、排除其他病原体、评估免疫功能、观察和随访、治疗疣体等措施。
HPV阴性但是有疣体，可能是以下原因引起：
1.假阳性：HPV检测可能出现假阳性结果，尤其是当疣体样本受到干扰或检测方法不够敏感时。
2.其他病毒感染：除HPV外，还有其他病毒可以引起疣体，如人类乳头瘤样病毒（HPV）、单纯疱疹病毒（HSV）等。
3.免疫抑制：免疫系统功能低下的个体，如接受免疫抑制剂治疗的患者，可能更容易感染HPV并出现疣体，即使HPV检测结果为阴性。
4.疣体类型：某些类型的疣体，如扁平疣，可能与HPV感染无关，即使HPV检测为阴性，仍会出现疣体。
5.检测局限性：HPV检测主要针对常见的HPV类型，而有些罕见的HPV类型可能未被检测到。
6.取材不当：疣体取材时，如果没有取到病变组织的核心部位，可能导致检测结果不准确。
7.混合感染：在某些情况下，疣体可能同时感染HPV和其他病原体，导致HPV检测阴性，但仍有疣体存在。
对于HPV阴性但有疣体的情况，医生可能会采取以下措施：
1.重新检测：建议进行多次HPV检测，以提高准确性。
2.其他病原体检测：排除其他病毒感染的可能性。
3.详细病史和体格检查：了解患者的病史和症状，进行全面的体格检查，以确定疣体的类型和原因。
4.免疫功能评估：对于免疫系统功能低下的患者，可能需要进一步评估免疫功能。
5.观察和随访：对于一些较小、无明显症状的疣体，可以先观察一段时间，看其是否会自行消退。
6.治疗疣体：根据疣体的类型和患者的情况，选择合适的治疗方法，如冷冻、激光、手术等。
需要注意的是，HPV阴性但有疣体并不意味着没有HPV感染的风险。即使HPV检测结果为阴性，仍应注意个人卫生，避免不洁性行为，以减少HPV感染的机会。如果对HPV阴性但有疣体的情况有疑虑，应及时咨询医生，以便获得更详细和个性化的建议。