盘腿坐时大腿根和膝盖内侧疼可能与髋关节、膝关节病变及肌肉劳损、韧带损伤、神经病变等有关，需要进行相关检查以明确病因，并采取相应的治疗措施。
盘腿坐时大腿根和膝盖内侧疼，可能与以下原因有关。
1.髋关节病变：
髋关节滑膜炎：髋关节滑膜受到细菌、病毒等感染，或发生免疫反应，可导致髋关节滑膜炎，出现疼痛、肿胀、活动受限等症状。
股骨头缺血性坏死：股骨头的血液供应受到影响，导致股骨头缺血、坏死，可引起髋关节疼痛，尤其在盘腿坐时疼痛加重。
髋关节骨关节炎：髋关节软骨发生退变、磨损，可导致髋关节骨关节炎，出现疼痛、僵硬、活动受限等症状。
2.膝关节病变：
膝关节滑膜炎：膝关节滑膜受到感染、创伤等刺激，可引起滑膜炎，导致膝关节疼痛、肿胀、活动受限。
半月板损伤：膝关节半月板损伤后，在盘腿坐时可挤压半月板，引起疼痛。
髌骨软化症：髌骨软骨软化、退变，可导致髌骨软化症，出现膝关节疼痛、无力等症状。
3.其他原因：
肌肉劳损：长时间盘腿坐或进行剧烈运动，可导致大腿根部和膝盖内侧的肌肉劳损，引起疼痛。
韧带损伤：大腿根部和膝盖内侧的韧带受到损伤，也可导致疼痛。
神经病变：腰椎间盘突出症、神经炎等神经病变，可引起大腿根部和膝盖内侧的放射性疼痛。
如果盘腿坐时出现大腿根和膝盖内侧疼，建议及时就医，进行详细的检查，如髋关节X线、CT、磁共振成像（MRI），膝关节X线、MRI等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意避免长时间盘腿坐或进行剧烈运动，注意保暖，避免受伤。