肛门两侧长很多小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、传染性软疣、肛门湿疹或其他疾病引起，不同疾病的治疗方法不同，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。
肛门两侧长很多小疙瘩可能是多种疾病的症状，以下是一些可能的原因和建议：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。肛门周围的小疙瘩通常呈菜花状、乳头状或鸡冠状，质地柔软，易出血。治疗方法包括冷冻、激光、手术切除等，同时需要抗病毒治疗和免疫调节剂辅助治疗。性伴侣也需要同时接受检查和治疗，以避免交叉感染。
2.扁平湿疣：二期梅毒的皮肤损害之一，可发生于肛门周围。扁平湿疣多为扁平状，表面湿润，触之有软骨样硬度。梅毒血清学检查可明确诊断。治疗主要是驱梅治疗，首选青霉素。
3.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗可采用疣体夹除术或刮匙刮除，然后涂以2%碘酊。
4.肛门湿疹：肛门周围皮肤的炎症性疾病，可由多种因素引起，如过敏、感染、局部刺激等。湿疹可表现为红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂等多形性皮疹，伴有瘙痒。治疗主要是去除病因，保持局部清洁、干燥，外用糖皮质激素乳膏或霜剂。
5.其他：肛门周围的皮脂腺囊肿、脂肪瘤、汗腺炎等也可出现小疙瘩。
总之，肛门两侧长很多小疙瘩的原因较多，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。